¿Cómo podemos pensar? ¿Cómo tenemos creatividad, inteligencia, valentía, etc.? ¿Cómo pueden un montón de átomos que ni siquiera están vivos hacernos hacer algo? ¿De dónde viene?

Interesante pregunta. Está apuntando a una aparente tensión entre una observación del mundo y un modelo del mundo. Para llevar esto al punto, ayuda disfrutar de los pelos partidos.

Primero, la observación: Ego cogito, ergo sum. “No podemos dudar de nuestra existencia mientras dudamos …”
Cada uno de nosotros puede hacer la observación de que usted mismo tiene creatividad, inteligencia, valentía, etc. Podemos hacer preguntas como las anteriores, pero el solo hecho de que pueda hacer estas preguntas demuestra que tiene, por ejemplo, dudas. Cuando lees esto, NO demuestra que tengo estas cualidades. Puede que leer esto ya sea parte de una ilusión gigantesca que llamas “mundo”. Desde su punto de vista, puedo o no ser una parte independiente de esa ilusión de la misma manera que no puedo estar seguro de que usted sea una parte independiente de mi ilusión.
En pocas palabras: “percibo, luego existo” es el fundamento filosófico más sólido que puedo obtener.

Por otro lado … Estudié física, y mi primera conferencia en la universidad comenzó así: “Solo para eliminar cualquier duda: la física no explica el mundo, la física simplemente describe el mundo”. Si observa detenidamente, encontrará que la descripción que llamamos “Atom” es una declaración resumida que refleja al menos una docena de modelos físicos diferentes (ver Liste der Atommodelle – Wikipedia – perdón por el alemán, no encontré un equivalente en inglés adecuado) ) No es que uno de estos modelos sea universalmente “mejor” o “peor” que cualquier otro: son mejores o peores al describir aspectos específicos de ciertos experimentos.
La mayoría de estos modelos son buenos y útiles, digamos para construir computadoras, automóviles o cohetes lunares, por lo que no es inteligente abandonarlos como “no reales”. Dichos modelos pueden o no ser “reales”, pero definitivamente son útiles. (si realmente quiere dividir los pelos, puede mirar la respuesta de Josef Dietl a ¿Cómo sé que no estoy mintiendo?).

Reuniendo las cosas: Contrariamente a nuestra percepción directa de, por ejemplo, la duda, no podemos percibir directamente ningún otro elemento, como los átomos. Por supuesto, el concepto de átomos es tan importante para nuestra sociedad que la mayoría de las personas acepta el átomo como “real” y duda de la existencia independiente de la mente. El análisis anterior sugiere lo contrario: la existencia de átomos, la sociedad, la mayoría de las personas (todos menos usted, para ser precisos) es conceptual, solo su propia mente, su propia capacidad de percibir y actuar, está fuera de toda duda.

Si realmente quieres profundizar tanto, debes intentar explicar los átomos de la mente, no al revés :-). Es posible, un ejercicio muy gratificante, pero muy desafiante para la mente con educación occidental promedio.

¿Estás preguntando cómo funciona el cerebro y cómo nació? Brain [Wikipedia] podría ser un buen punto de partida.

¿O estás buscando algo más, tal vez más filosófico que científico, como Qualia [Wikipedia]?

Es la interconexión de una gran cantidad de átomos en secuencias específicas lo que nos ayuda a hacer eso.

Ese tipo de complejidad de replicación requiere muchos cambios fallidos hasta que algo funciona, luego más cambios hasta que algo más complicado funciona.

Pasaron 3.500 millones de años para pasar de las stormatolitas a los astronautas.

La pregunta parece abordar los problemas inherentes al reduccionismo y el materialismo. Estoy de acuerdo en que deberían ser desafiados.

Ayuda a aceptar simplemente que tenemos valentía, inteligencia, etc. Por ejemplo, aceptamos vivir en cultura y ser influenciados por la influencia cultural sin tener que dividir la sociedad y la cultura en física molecular. No es necesario interpretar las finanzas en términos de biología, en la medida en que somos organismos biológicos.

La extralimitación del reduccionismo y el materialismo como ideas niega cualquier implicación lógica que tengan.