Todo depende del nivel de calidad y detalles requeridos en la entrega.
Papel
Si solo desea esbozar su idea como un ejercicio de lluvia de ideas, el papel es el mejor. Es rápido, puede hacer cambios en su diseño e incluso involucrar al cliente sin esperar ninguna capacitación especial o habilidades de ellos.
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Balsamiq
Si está marcando no solo el diseño sino también el flujo, creo que usar algo como Balsamiq u otra herramienta de estructura de alambre es mejor, ya que le ayuda a soltar rápidamente elementos básicos y le permite agregar interacciones para que pueda simular cómo un botón o enlace puede reaccionar e ir a otra página.
Si el requisito final es más una idea visual detallada y la perfección de píxeles, Photoshop o Illustrator están bien.
Otra buena opción es Sketch pero solo puede usarlo en un entorno Mac.
Si desea un prototipo de alta fidelidad, con todas las interacciones, e incluso quiere mostrar diseños adaptativos, Axure es su mejor opción .
Otro software prometedor que todavía está en versión beta, pero lo encuentro realmente útil y rápido, y le ofrece el poder de las capas de Photoshop y las herramientas de dibujo de Illustrator junto con las interacciones y es específicamente para crear activos para la web y los dispositivos móviles, es Adobe Experience Design . Mantén tus ojos en este ya que siento que se convertirá en el líder en los próximos días.
Espero que esto ayude. SI tiene más preguntas, no dude en preguntarme.